南管音律在南管乐中以琵琶做为主音干，琵琶四弦的发挥需要标准十二平均律才能吻合入线音的音准，例如：入工与空弦工同音异位，入士与倍士同音异位，在归巢谱中琵琶有“八卦”之法，即是四线全在品位上弹奏，不用空弦；四时景中琵琶用到“五工八Ｘ”指法，也是同音异位的应用，音准在此时会突显重要性；这问题只有合乎十二平均律方能取得音准上的条件，但就传统箫之音律乃接近七律制，就此两种不同音律乐器之结合，琵琶与箫间各有折衷之处，是取自古人之“中庸之道”吧。

工 六四六倍思士 一 五X 四 X 南管琵琶音阶十二平均律模拟 工六四六倍思独士士一五X 四 X 全放X 高工洞箫七平均律推演（红线乃指法调整）就上图中，洞箫开孔在四六音与倍思只有一个，指法上，盖第一孔得降约半音的四六；倍思音偏低部份，在演奏『谱』中以开上一孔，盖下两孔的入士（独士）配合；全放X与X也使用同一孔为，X之指法以盖其下两孔调整音高；士音略高部份，可盖下一孔配合但普遍没有，这也是南管音律特色之处。

在筒音三个八度间，洞箫的自然音也超过倍频，八度音大于十二律之八度，在ｄ与ｄ1部分影响较小，ｄ1与ｄ2间感觉很明显，因此南管洞箫指法在ｄ2音的高工，指法不是全按或放后孔，而是修正后的盖前二三孔。原来的全按音只在百鸟归巢谱中，在“归巢工”之音时使用。南管箫在实际孔位上，比一般七律箫更近吹口，以六孔全放的全放Ｘ来说，其相对音高，比七律箫接近倍筒音（高工），距离将近十二律之一律，甚至更少，此现象使箫律更接近十二律，尤其在五Ｘ及士孔音部份，更接近十二律音准，且在七律的以凡中立音阶部分，南管箫的乙凡音有部分偏移现象。

管式　工六(35)间之凡音阶五上(61)间之乙音阶十二律工凡间半音（小二度）乙上间半音（小二度）五空管小二度(Ｘ/工)，大二度两用(全放Ｘ/工) 中立音(倍士/士) 四空管高于中立音，接近全音(一/五X) 中立音(六/四六) 倍思管中立音(倍士/士) 半音(五X/全放X) 　依上表统计，保留乙凡中立音的部分只有在倍士与士之间的孔位，出现在五空管的６１间，与倍思管３５间时是接近中立的乙凡平均音。实例南洞箫音孔的实际尺寸，若以两公分内径塑胶管为样本，以合标准音律开孔，后孔距离吹端八点五吋，然后依次音孔距离一点四吋；最下音孔与凤眼间距二点七五吋，洞箫全长一尺八寸，音孔0.85公分。实际竹箫在内径上有朝箫尾（竹根部）渐小的趋势，因此凤尾与前五孔位置会略移往吹口方向，此时音孔间距会缩小至一点三寸到一点三五寸左右，台湾南管界音高以+50音分为标准。 　　　　　　　　　　

样本箫音孔比较音高测试结果：指　法　　　　南管音位　　样本音阶（尺八长）　竹箫音阶（尺八长）　　全闭筒音轻吹　　低工　　　　　ｄ+10　　　　　　　ｄ+45 ＊开后孔筒音　　　工　　　　　　ｄ1+10 　ｄ1+50 ＊开前五孔　　　　六　　　　　　ｅ1+5 ｅ1+50 开前四孔　　　　四六　　　　　ｆ1+15 　ｆ1+50 开前四五孔　　　倍士 #ｆ1-40 #ｆ1+20　＃开前三孔　　　　入士 #ｆ1-20 #ｆ1+40 开前三四五孔　　士 ｇ1+30　　　　　　ｇ1+50 ＊闭后前一孔　　　一　　　　　　 ａ1+10 　 ａ1+40 开前一孔　　　　五Ｘ ｂ1 +10 ｂ1+50 闭前一二孔　　　Ｘ 　 ｃ+15　　　 　ｃ+50 全开　　　　　　全放Ｘ　　　 #ｃ1+15　　 　　 #ｃ1+55 开后前二孔　　四空 Ｘ　　　　　ｃ1+10 ｃ1+45 闭前一二孔 高工 ｄ2+25 ｄ2+55 开后孔　　　　　归巢工　　　 　ｄ2+45 ｄ2+90 ＊开前二三四孔　　极六 ｅ2+10 ｅ2+55 开前一四孔　　　极士 ｇ2+15　　　　 　ｇ2+50 按前二孔　　　　极一　　　　　 ａ2-20　 ａ2+20　 ＃开前二孔　　　　极Ｘ ｂ2-90 ｂ2-45 　＃　全按泛音　　　　暗一 ａ1+20 ａ1+55　放前五孔泛音　　独Ｘ ｂ1+0 ｂ1+40　 ＊记部分为偏高部分，

高八度自然筒音为大于八度(高20-40音分)，需以高工指法修正。在五度音上普遍的南箫有更高情形(样本高出15音分)，竹箫为修正过开孔方式仍维持高10音分。＃记号部分为偏低之音有贝思、极一、极X。 部分箫因为整体共鸣腔与开孔关系，极高音部份或无法到达全部音域，或指法必须因箫的不同而调整；以高工为例，若箫内径在二公分以内，闭前一二孔，八度因高较正确，若超过2.2公分以上，则须如【指谱全集】所列，闭前二三孔指法。
‍